pythonのクラスメソッドの使い方について説明する記事は大量に存在する。それらで機能を説明するために使われる例の多くは必ずしもclassmethodでなくてもよい。”なくてもよい”であればまだマシで、staticmethodやその他方法の方法で定義すべき例を挙げて説明している記事が多いと感じる。

そこで、個人的に考えるclassmethodの使い所についてまとめた。

いつも忘れるmatplotlibで縦と横の大きさが等しい図の作り方について備忘録的にメモ。

マテリアルズインフォマティクス (MI) において最も重要な要素のうちの一つとして、モデルの解釈が挙げられる。

モデルを解釈することで、ドメイン知識と照らし合わせてモデルの正しさを確認することや新たな知見を得ることができる。

化学構造とその化合物の性質を紐づけて解析を行う定量的構造物性相関 (Quantitative Structure-Property Relationship, QSPR) 手法のうちの一つとして、FingerPrintを説明変数、化合物の性質を目的変数として機械学習モデルを構築する方法がある。

この手法について調査したところ、FingerPrintが対応する部分構造とそれに紐づく寄与率を化学構造上に描画することで解釈を行う手法があることがわかった。

• 中原真希, 向田志保, & 岩壁幸市. (2020). フィンガープリントによる化合物の予測根拠可視化. ケモインフォマティクス討論会予稿集 第 43 回ケモインフォマティクス討論会 (p. 1A05). 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会.

これについて検討を行い、実際に描画を行なった結果を以下に示す。

特別なソフトを使わずに化合物の3次元構造を描画できるようにしたかった。

実際、世の中に化合物を描画するソフトはたくさんあるが、基本的に自分だけでなく見る相手にもそのソフトを使用してもらう必要がある場合がほとんどである。

一般に、会社のPCにソフトをインストールするためには複雑な申請が必要であるケースがある（特に大きな会社）。したがって、そういった会社でも使用できるようなブラウザで化合物の三次元構造をグリグリとマウスで動かしながら触れるような形で出力したいと思った。

shapで解析した結果を可視化しようとした際、よくわからないmatplotlibのエラーに遭遇した。

調べても出てこず、色々試した結果うまくいったのでエラーコードと共に対処法を示す。

バグなのか仕様変更なのかはわかっていない。